此当硬盘上的当前windows出问题或有需要时，如有病毒木马或其它什么原因导致系统不能启动，特别是安全模式也不能进入，要利用第三方工具修改原系统注册表达到修复系统的目的（如修复安全模式），例如可以利用WIN PE。
用WIN PE光盘启动PE后，加载的是PE系统的注册表，因此需要进入PE系统的注册表编辑器重新加载硬盘系统的注册表。注册表文件是保存在c:\windows\system32\config 文件夹下（假设系统装于c盘）：SAM、SECURITY、SOFTWARE、SYSTEM。
在WIN PE光盘系统中，开始－运行，输入regedit，点击HKEY_LOCAL_MACHINE，从菜单点击“文件”－“加载配置单元”，在弹出对话框的“文件类型”中选择“所有文件”找到硬盘系统中注册表保存位置，如C:\windows\system32\config\中, 选择注册表文件。例如SYSTEM，然后在弹出的框中输入一个“项名字”，如TEST，在HKEY_LOCAL_MACHINE 下选择刚才新建的TEST，进行修改，当完成后，选择HKEY_LOCAL_MACHINE\TEST，然后从菜单点击“文件”－“卸载配置单元”，就完成了对硬盘系统的注册表修改。
现在网上一些个人或组织制作的PE工具盘同样带编辑硬盘上的windows注册表的工具，原理就是这样，不过已经有现成的工具，不用象上面手工加载这么费力，简单的直接选择就可完成了，已经相当方便，当然要真正利用这个方法与这些工具修复系统则是另一项工作了。